Markus Meyer absolvierte von 1991 bis 1997 ein Bühnenbild- und Kostümstudium an der Hochschule der Künste Berlin. Assistenzen führten ihn an die Deutsche Oper und das Deutsche Theater Berlin, die Staatsopern in Wien und Hamburg, sowie die Semperoper Dresden.

Seit 1998 ist er freischaffend tätig und arbeitet u.a. mit den Regisseuren Jakob Peters-Messer, Anthony Pilavachi und Robert Lehmeier  an den Theatern Nürnberg, Bern, Weimar, Wiesbaden und Hamburg (Deutsches Schauspielhaus), den Opern in Wuppertal, Chemnitz und Erfurt, dem Festspielhaus Baden-Baden, bei den Musikfestspielen Potsdam Sanssouci, der Nationalen Reisopera,Niederlande, dem Teatro Nacional de Sao Carlos, Lissabon, der Opéra National de Bordeaux, der Opera Ireland in Dublin, der Nationaloper in Tirana, Albanien und 2014 an der Opéra de Nice.

Gastspiele führten ihn u.a. an das Gran Teatre del Liceu, Barcelona, das Theatre des Champs-Elysées, Paris, die Stadsschouwbourg Amsterdam, zum Spoleto Festival und zu den Wiener Festwochen.

Schwerpunkte seiner Arbeiten liegen zum einen bei Werken des 18. Jahrhundert wie z.B. "Orpheus" von G.P. Telemann,“ La fida Ninfa“ von A. Vivaldi und “Cleopatra e Cesare“ von C.H. Graun, zum anderen bei Opern des 20. Jahrhunderts wie z.B. "Die Nase" von D. Schostakowitsch, "The Rake's Progress" von I. Stravinsky und "Lulu" von A. Berg, sowie Uraufführungen: z.B. “The Orphan“ von Jeffrey Ching.