Geboren 1961 in Oberösterreich studierte Ernst Theis an der Hochschule für Musik und darstellende Kunst Wien. Seit 1987 als Dirigent tätig, umfasst sein Repertoire alle musikalischen Epochen, sowohl im symphonischen wie auch im Bühnenbereich.
Er ist Preistäger des Dirigentenbewerbs der Internationalen Ferienkurse für Neue Musik Darmstadt 1996 unter der Leitung von Peter Eötvös.
Seine Konzerttätigkeit führte ihn zu bedeutenden Orchestern wie den St. Petersburger und Hamburger Symphonikern, der MDR Kammerphilharmonie und Slowakische Philharmonie, dem MDR Symphonieorchester Leipzig, Haydn Orchester Bozen, Lettisches Nationalorchester Riga, United European Chamber Orchestra Milano, Monterrey Philharmonic Orchestra, Radio Symphonie Orchester Wien, Bruckner Orchester Linz, Wiener Concertverein (Kammerorchester der Wiener Symphoniker), Wiener Kammerorchester, Niederösterreichischen Tonkünstlerorchester, sowie zu den Ensembles für Neue Musik Ensemble Modern Frankfurt und die Reihe.

Seine Bühnenaktivitäten brachten ihn u.a. an die Wiener Volksoper, das Wiener Burgtheater, die Wiener Kammeroper, Staatsoperette Dresden und auch die Zusammenarbeit mit dem Wiener Staatsopernballett unter seinem damaligen Chefchoreographen Renato Zanella im Rahmen des Festivals Wien Modern. Tourneen und Gastdirigate führten ihn nach Stuttgart, Köln, Dortmund, Bonn, Dresden, Hamburg, Essen, Magdeburg, Luzern, Mailand, New York, Tokyo, Nagoya und andere mehr.

Von 1990 bis 2005 war Ernst Theis künstlerischer Leiter der Österreichischen Kammersymphoniker, mit denen er einen Zyklus im Wiener Konzerthaus gestaltete sowie für das deutsche Label "Cantate Musicaphon" eine CD-Serie mit Werken des beginnenden 20. Jahrhunderts (Martinu, Milhaud, Honegger, Schulhoff) produzierte. In der Folge erschien im Dezember 2002 die weltweit erste Gesamteinspielung aller Haydn-Klavierkonzerte, die Ernst Theis gemeinsam mit dem italienischen Pianisten Massimo Palumbo (Genua) für das deutsche Label "Arts Music" erarbeitete. Es handelt sich hierbei um 13 Concerti und Concertini auf insgesamt 3 CDs.